Najnowsza wersja programu daje użytkownikowi możliwość korzystania z usprawnionych funkcji, a także wprowadza wiele nowości, jak na przykład nowe modele obliczeniowe wspierane przez nakładkę Flex. Dodanych zostało wiele udogodnień, które ułatwiają pracę z programem, a także poprawiono najczęściej pojawiające się błędy.

• Sterowanie widokiem w oknach 2D/3D View za pomocą klawiatury
  Nowa opcja pozwala na wygodne sterowanie widokami 2D i 3D za pomocą klawiatury. Za pomocą klawiszy strzałem użytkownik może przesuwać widok, a klawisze +/- na klawiaturze numerycznej służą do przybliżania i oddalania. W aktywnym oknie 3D View klawisze strzałek służą do obracania widoku.
  
  
• Modyfikowalne izolinie w mapach izoliniowych
  Dzięki nowej opcji istnieje możliwość definiowania własych kolorów i stylów map izoliniowych. Użytkownik może ustawić początkową i końcową wartość skali kolorów, a także modyfikować inferwał pomiędzy nimi. Zmiany w jednym oknie przenoszone są do innych widoków.
  
  
• Domyślny widok w oknie 3D View
  W nowej wersji programu użytkownik może stworzyć i zapisać domyślne ustawienia widoku 3D, które będą wykorzystywane w następnych projektach.
  
  
• Określanie celów modelowania w dowolnym czasie
  Cel modelowania dla symulacji transportu może zostać określony na dowolnym etapie projektu, nie tylko podczas definiowania początkowych ustawień modelu.
  
  
• Ustawienia translacji/uruchomienia modelu
  Użytkownik może określić, czy poszczególne pakiety biorą udział w translacji lub uruchamianiu modelu, co zwiększa wygodę korzystania z własnych pakietów, podocnie jak miało to miejsce w zaawansowanych ustawieniach klasycznej nakładki programu.
  
  
• Kontrola nad rozmiarek oczka siatki w modelach konceptualnych
  Podobnie jak w modelach numerycznych, teraz także w modelach konceptualnych użytkownik ma pełną kontrolę nad rozmiarem i parametrami siatki obliczeniowej.
  
  
• Warunki brzegowe LGR
  Warunki brzegowe LGR (Local Grid Refinement) mogą być ustalane zarówno dla modeli konceptualnych, jak i numerycznych.
  
  
• Transfer masy w dwóch domenach
  Dzięki wprowadzeniu do nakładki Flex modeli obliczeniowych MT3D-MS i MODFLOW-SURFACT możliwe jest modelowanie transportu masy w dwóch domenach.
  
• Przepływ w strafie nienasyconej
  Visual MODFLOW Flex 4.1 wspiera modelowanie przepływu w strefie nienasyconej, powiązanego z pakietem UZF w modelu MODFLOW-2005.
  
  
• Zaktualizowane modele obliczeniowe
  W najnowszej wersji zaktualizowane zostały modele MODFLOW 2005 oraz MODFLOW NWT.
  
  
• Wsparcie dla MODFLOW-SURFACT
  Nowa wersja programu wspiera także model MODFLOW-SURFACT w wersji 4.0. Jest to model do obliczeń przepływu i transportu, opracowany przez firmę HydroGeoLogic, Inc. Wspiera on wiele zaawansowanych narzędzi i medot obliczeniowych, które zwiększają możliwości programu w zakresie modelowania przepływu i transportu w strefach nasyconych i nienasyconych.
  
  
• Zwiększenie komfortu pracy z programem
  Najnowsza wersja pozwala na otwieranie zakładek jako osobnych okien, pozwala na otwieranie plików .AMD bezpośrednio z eksploratora plików oraz wspiera platformę .NET Framework 4.6.1.
  
  
• Poprawa najczęsciej występujących błędów